«Филогенией» - ударение в слове
В указанном выше слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой И — филогенИей.
филогенИей.
Филогенией - творительный падеж слова филогения
Примеры
Можно её назвать генетикой надбиологической, генетикой культурной памяти, информационной, генетикой второго порядка, связанной с филогени́ей культуры и т. п. — Андрей Пелипенко, Избранные работы по теории культуры, 2014