«Кальцитом» - ударение в слове
В таком слове ударение падает на слог с буквой И — кальцИтом.
кальцИтом.
Кальцитом - творительный падеж слова кальцит
Примеры
Самородная медь и редко самородное серебро сопровождаются цеолитами, хлоритом, пренитом, кальци́том, гематитом, кварцем, путтелитом. — Эдвард Эрлих, Месторождения и история, 2016
Самородная медь ассоциирует с халькозином, гипсом, кальци́том, баритом, кварцем, целестином. — Эдвард Эрлих, Месторождения и история, 2016