«Кокцидии» - ударение в слове
В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с первой буквой И — кокцИдии.
кокцИдии.
Кокцидии - множественное число
Примеры
У каких животных паразитируют кокци́дии? — А. И. Бокова, Проверочные задания по зоологии. Часть 1. Беспозвоночные животные, 2012