«Запротоколируй» - ударение в слове
В таком слове ударение следует ставить на слог с буквой И — запротоколИруй.
запротоколИруй.
Запротоколируй - образовано от слова запротоколировать
Примеры
Внизу сидит консьержка, её показания обязательно запротоколи́руй. — Анна Исламова, Вeрните моего сына, 2019
– А ты запротоколи́руй изъятое, – указал он на коротко стриженного милиционера. — Евгений Сухов, Бубновый туз, 2006